Setelah berkiprah selama dua tahun, kini KAPMI Aceh telah melebarkan sayapnya hingga dapat merambah ke beberapa daerah. Saat ini telah terdata 10 jaringan  Wilayah di 10 Kabupaten/Kotamadya yang ada di Daerah Istimewa Aceh. Disamping itu KAPMI Aceh juga menjalin kerjasama dengan berbagai organisasi pelajar dan kepemudaan lainnya yang memiliki visi dan misi sejalan. 

Disamping aktivitas dakwah untuk turut serta membenahi berbagai fenomena kebobrokan moral, para pelajar muslim juga memiliki kewajiban-kewajiban lainnya yang terkait dengan pengembangan potensi dirinya. Jika tidak ada kesinkronan antara keduanya, maka akan sia-sialah segala usaha yang telah dilakukan. Ibarat sebuah ungkapan bijak yang berbunyi "seperti lilin yang menerangi".  Untuk itu diperlukan pelaksanaan kerja yang terkoordinir, efektif dan profesional dalam mengembangkan kerjasama, komunikasi dan persaudaraan antar sesama pelajar muslim.

DPP KAPMI Aceh saat ini berkedudukan di Pusat Ibukota Daerah Istimewa Aceh (Banda Aceh), dan menjadi koordinator dan penanggung jawab terhadap perkembangan kegiatan dakwah KAPMI di daerah-daerah. Untuk memudahkan pelaksanaan tanggung jawab itu, KAPMI Aceh membentuk beberapa departemen dan biro dengan spesialisasi tugas sesuai dengan orientasi  kerja KAPMI.

1.   Departemen Kaderisasi

Departemen Kaderisasi merupakan suatu keharusan bagi setiap organisasi yang bertujuan menebarkan fikrah-fikrah kebenaran. Diibaratkan tulang punggung aktivitas dakwah organisasi, kaderisasi menjadi unsur utama dalam melawan berbagai corak ideologi kebatilan yang tumbuh subur dalam kehidupan masyarakat.

Pada setiap muslim yang lurus terkumpul potensi kebaikan. Menjadi tugas departemen ini pula untuk melahirkan sumber segala potensi itu dengan pemrograman aspek tarbiyah individu dlm kegiatan, sehingga setiap kegiatan KAPMI memiliki orientasi yang jelas  guna memunculkan kader-kader Islam yang komitmen dengan ideologi Islam  untuk dikembangkan menjadi suatu gelombang yang besar demi tercapainya cita-cita khairu ummah, izzul Islam wal Muslimin.

Departemen ini adalah madrasah bagi intelektualitas, spiritualitas, fisik dan persaudaraan. Ruang lingkupnya menyangkut seluruh dimensi kemanusiaan dalam diri manusia yang tertuangkan dalam setiap derap langkah KAPMI sehingga mencerminkan sebuah kepribadian muslim yang sejati.  

Departemen Kaderisasi mengalami pemekaran dengan terbentuknya dua buah divisi pelaksana, yaitu :

1. Divisi Pendidikan dan Latihan (Diklat)

Memiliki tugas untuk mengelola bidang pendidikan dan pelatihan para anggota KAPMI Aceh seperti : Kajian bulanan, daurah pengurus, daurah anggota baru, pesantren kilat pelajar, dan daurah lanjutan.

2. Divisi Kreasi Islam Remaja (K.I.R.)

Memiliki tugas untuk mengelola bidang kreatifitas remaja berupa keahlian, keterampilan, dan pembinaan hubungan kaderisasi KAPMI dengan Rohis SMU/MAN. Bentuk kegiatan Divisi KIR antara lain : pembinaan rohis berkala, daurah tsaqafah, kajian IPTEK, dll.

2.  Departemen Pembinaan Jaringan

Misi Utama dari departemen ini adalah: membentuk, membina dan mengembangkan berbagai potensi yang dimiliki seluruh daerah. Departemen Pembinaan Jaringan merasa terpanggil untuk ikut serta dalam menciptakan pemerataan kegiatan dakwah di seluruh wilayah Daerah Istimewa Aceh. Hingga saat ini KAPMI Aceh telah memiliki 10 jaringan di berbagai kabupaten/kotamadya di Daerah Istimewa Aceh.

Namun terbatasnya sumber daya yang dimiliki KAPMI Aceh menyebabkan Departemen Binjar dihapus  dalam Struktur Pengurus II dan tugas-tugasnya diambil alih oleh Badan Permusyawaratan KAPMI Aceh. Tiada pertimbangan lain selain pengoptimalan KAPMI Aceh sebagai sentral koordinasi DPW KAPMI se-Aceh untuk mewujudkan sebuah organisasi yang profesional.

Bentuk aksi dari departemen ini adalah : Membentuk jaringan Organisasi di seluruh Kabupaten/Kotamadya di Daerah Istimewa Aceh, tukar-menukar informasi antar KAPMI Daerah, kunjungan ke daerah-daerah untuk mengetahui setiap perkembangan yang terjadi di jaringan-jaringan organisasi, dan aksi pemberian bantuan kemanusiaan kepada daerah yang ditimpa bencana/musibah.

3.  Departemen Dana Usaha

Misi utama  Departemen Dana Usaha adalah untuk menjadikan KAPMI Aceh sebagai ormas yang memiliki kesiapan dalam hal finansial, sehingga dapat memudahkan gerak langkah KAPMI dalam menjalankan aktivitasnya. Mustahil aktivitas akan berjalan dengan lancar dan efektif jika tidak didukung oleh modal yang memadai.

Departemen Dana usaha juga melibatkan setiap pengurus dan angota KAPMI untuk berperan serta  dalam kegiatan-kegiatan dana usaha sehingga potensi kewirausahaan yang ada pada setiap individu bisa dikembangkan sementara ia terus bergerak menjalankan fungsinya. 

Bentuk aksi dari departemen ini antara lain: membuat media identitas KAPMI Aceh berupa topi, pin, stiker, kaos dan T-Shirt pengurus, mengadakan penyewaan VCD Islam, pembuatan bulletin, peminjaman modal kecil dan aksi-aksi lainnya.

4.  Departemen Kepanduan

Kesempurnaan setiap muslim tidak hanya lahir dari rajinnya aktivitas beribadah dan tingginya ilmu yang diraih. Namun muslim sejati adalah mereka yang memiliki keseimbangan (tawazun) dalam tiga aspek pembinaan potensi diri, termasuk keterampilan dan kekuatan fisik. 

Pembinaan fisik &  raga merupakan misi utama Departemen Kepanduan. Darinya akan lahir kader-kader aktivis dakwah yang siap mental untuk menghadapi berbagai tantangan dakwah dan memiliki bekal persiapan untuk menanggung beban amanah yang semakin lama semakin bertambah. 

Mewarnai kehidupan masyarakat yang terintimidasi oleh ghazwul fikr  dengan nilai-nilai Islam juga menjadi salah satu usaha Departemen Kepanduan dalam menyebarkan fikrah Islam.

Bentuk aksi Departemen Kepanduan : Pertandingan Sepak Bola Ukhuwah, Olahraga bersama, Pelatihan Keterampilan Berkemah, Pembinaan bela diri, rihlah / tafakur alam dan sebagainya.

5.  Departemen Kajian Advokasi Pelajar

Permasalahan pelajar pada saat ini cenderung diabaikan oleh berbagai pihak-pihak terkait, lantaran menganggap pelajar itu sebagai kanak-kanak. Citra seperti ini membuat para pelajar mudah diintimidasi dan kehilangan hak-hak dasarnya. Pelarangan mengenakan jilbab di sekolah maupun sewaktu pembuatan foto Ebtanas dan minimnya jam pelajaran agama merupakan sebuah contoh klasik yang hingga saat ini masih terus dilanggar oleh berbagai pihak. Sehingga wajar saja jika tingkat degradasi moral pelajar kian hari semakin memburuk,  yang pada akhirnya akan berdampak negatif  bagi masyarakat.

Departemen Kajian Advokasi Pelajar diharapkan menjadi wadah para pelajar untuk mengadukan, melapor dan  mencurahkan segala permasalahan terkini yang dihadapi para pelajar, untuk bersama-sama mencari solusi pemecahan terbaik dengan aksi nyata.

Departemen ini juga melakukan pemantauan secara teratur di lapangan terhadap berbagai perkembangan kondisi para pelajar sehingga dapat tercipta suasana tenang dan bergairah dalam proses pendidikan. Hal ini dapat mencegah terjadinya berbagai pelanggaran dan intimidasi yang dilakukan oleh berbagai pihak.

Bentuk nyata kegiatan Departemen Advokasi adalah : Aksi damai, demonstrasi, audiensi, silaturahmi Rohis, observasi sekolah, penelitian, dan sebagainya. 

6.  Biro Kesekretariatan (Kestari)

Salah satu biro yang memiliki kedudukan penting sebagai unsur intern KAPMI. Kestari merupakan pelaksana utama kegiatan administrasi. Di bawah koordinasi Sekretaris Jenderal, Kestari melaksanakan seluruh tugasnya dengan ruang lingkup intern dan ekstern organisasi, mengelola inventaris, mendata setiap anggota KAPMI, membuat kartu tanda anggota (KTA), menangani surat-menyurat, mengupayakan sebuah sekretariat, mengadakan pelatihan jurnalistik dan sebagainya.

7.  Biro Hubungan Masyarakat (Humas)

Biro Humas merupakan tim inti yang bertugas untuk memikirkan berbagai upaya-upaya yang perlu dilakukan untuk memperkenalkan KAPMI kepada masyarakat. Tentunya dengan mengedepankan syiar Islam dalam setiap derap langkahnya. Humas juga memantau situasi dan kondisi para pelajar secara umum agar dapat merancang konsep yang sesuai dengan lingkungan pergaulan dan efektif dalam mencapai target yang diharapkan. 

Kegiatan untuk Biro Humas antara lain : mengadakan festival dan perlombaan nasyid, menggelar tabligh akbar, mengadakan aksi-aksi sosial, peringatan hari-hari besar Islam, kajian umum dan bedah buku.